पूर्ण जीनोम अनुक्रमण अनुप्रयोग (ब्रूडस्टॉक)

पूर्ण जीनोम अनुक्रमण किसी व्यक्ति के मार्कर स्थितियों के केवल एक लक्षित उपसमूह के बजाय उसकी पूरी आनुवंशिक अनुक्रम को पढ़ता है, जो किसी दिए गए व्यक्ति के लिए सबसे व्यापक संभव जीनोमिक डेटा प्रदान करता है, लेकिन एसएनपी ऐरे या जीनोटाइपिंग-बाय-सीक्वेंसिंग दृष्टिकोणों की तुलना में प्रति-नमूना लागत काफी अधिक होती है। यही कारण है कि वाणिज्यिक जलीय कृषि प्रजनन कार्यक्रमों में पूर्ण जीनोम अनुक्रमण को आमतौर पर प्रत्येक पीढ़ी में पूर्ण उम्मीदवार प्रजनन आबादी के नियमित जीनोटाइपिंग के लिए उपयोग करने के बजाय विशेष रूप से मूल्यवान प्रमुख ब्रूडस्टॉक या संदर्भ व्यक्तियों की एक छोटी संख्या पर चुनिंदा रूप से लागू किया जाता है। एक प्राथमिक व्यावहारिक अनुप्रयोग व्यक्तियों के एक प्रतिनिधि संदर्भ सेट से पूर्ण जीनोम अनुक्रमण डेटा का उपयोग करके नए आनुवंशिक मार्करों की खोज और विशेषता बताना है, जो व्यापक प्रजनन आबादी के अधिक लागत प्रभावी नियमित जीनोटाइपिंग के लिए उपयोग किए जाने वाले बाद के ऐरे डिज़ाइन या वेरिएंट-कॉलिंग संदर्भ पैनलों में सीधे योगदान देता है, जिसका अर्थ है कि पूर्ण जीनोम अनुक्रमण अक्सर सस्ते, अधिक स्केलेबल डाउनस्ट्रीम जीनोटाइपिंग उपकरणों का समर्थन करने वाली मूलभूत खोज परत के रूप में कार्य करता है, बजाय इसके कि यह अधिकांश परिचालन प्रजनन कार्यक्रमों में नियमित, प्रत्येक-व्यक्ति जीनोटाइपिंग विधि हो। दुर्लभ, बड़े-प्रभाव वाले आनुवंशिक वेरिएंट का पता लगाना, जिसमें विशिष्ट रोग-प्रतिरोधक उत्परिवर्तन या हानिकारक अप्रभावी वेरिएंट शामिल हैं जो दोनों माता-पिता से दोहरी प्रतिलिपि में विरासत में मिलने पर समस्याएं पैदा कर सकते हैं, विशेष रूप से पूर्ण जीनोम अनुक्रमण द्वारा प्रदान की गई व्यापक कवरेज से लाभान्वित होता है, क्योंकि दुर्लभ, महत्वपूर्ण वेरिएंट को कम-घनत्व वाले जीनोटाइपिंग ऐरे द्वारा पूरी तरह से अनदेखा किया जा सकता है जिसमें उस विशिष्ट वेरिएंट के जीनोमिक स्थान के पास मार्कर शामिल नहीं होते हैं। जैसे-जैसे व्यापक जीनोमिक्स उद्योग में अनुक्रमण लागत में दीर्घकालिक गिरावट जारी रही है, पूर्ण जीनोम अनुक्रमण धीरे-धीरे एक विशेष रूप से अनुसंधान-उन्मुख उपकरण से सबसे उन्नत, सु-संसाधित वाणिज्यिक जलीय कृषि प्रजनन कार्यक्रमों में व्यावहारिक अनुप्रयोग की ओर बढ़ा है, हालांकि यह अभी के लिए, अधिकांश प्रजनन कार्यक्रमों द्वारा दिन-प्रतिदिन के चयन निर्णयों के लिए उपयोग की जाने वाली नियमित, जनसंख्या-व्यापी जीनोटाइपिंग विधि के बजाय एक अधिक चुनिंदा और रणनीतिक रूप से तैनात उपकरण बना हुआ है।