יישומי ריצוף גנום שלם (רבייה)
ריצוף גנום שלם קורא את הרצף הגנטי השלם של פרט ולא רק תת-קבוצה ממוקדת של עמדות סמנים, ומציע את הנתונים הגנומיים המקיפים ביותר האפשריים עבור פרט נתון, אך בעלות גבוהה משמעותית לדגימה בהשוואה למערכי SNP או גישות גנוטיפינג באמצעות ריצוף. זו הסיבה שריצוף גנום שלם בתוכניות רבייה מסחריות באקווקולטורה מיושם בדרך כלל באופן סלקטיבי למספר קטן יותר של מלאי רבייה או פרטי ייחוס בעלי ערך מיוחד, במקום לשמש לגנוטיפינג שגרתי של אוכלוסיית הרבייה המועמדת המלאה בכל דור. יישום מעשי עיקרי הוא שימוש בנתוני ריצוף גנום שלם מקבוצת ייחוס מייצגת של פרטים כדי לגלות ולאפיין סמנים גנטיים חדשים, המזין ישירות לתכנון מערכים עוקבים או ללוחות ייחוס לזיהוי וריאנטים המשמשים לגנוטיפינג שגרתי חסכוני יותר של אוכלוסיית הרבייה הרחבה יותר. משמעות הדבר היא שריצוף גנום שלם מתפקד לעיתים קרובות כשכבת גילוי יסודית התומכת בכלי גנוטיפינג זולים יותר וניתנים להרחבה במורד הזרם, במקום להיות שיטת הגנוטיפינג השגרתית לכל פרט עצמה ברוב תוכניות הרבייה התפעוליות. איתור וריאנטים גנטיים נדירים בעלי השפעה גדולה, כולל מוטציות ספציפיות המקנות עמידות למחלות או וריאנטים רצסיביים מזיקים שעלולים לגרום לבעיות אם יורשו בשני עותקים משני ההורים, נהנה במיוחד מהכיסוי המקיף שריצוף גנום שלם מספק, מכיוון שוריאנטים נדירים וחשובים עלולים להיות מוחמצים לחלוטין על ידי מערך גנוטיפינג בצפיפות נמוכה יותר שאינו כולל סמנים ליד המיקום הגנומי הספציפי של וריאנט זה. ככל שעלויות הריצוף המשיכו בירידה ארוכת הטווח שלהן בתעשיית הגנומיקה הרחבה יותר, ריצוף גנום שלם התרחב בהדרגה מכלי מכוון מחקר בלבד לכיוון יישום מעשי הולך וגובר בתוכניות הרבייה המסחריות המתקדמות והמצוידות ביותר באקווקולטורה, אם כי הוא נשאר, לעת עתה, כלי פרוס באופן סלקטיבי ואסטרטגי יותר מאשר שיטת הגנוטיפינג כלל-אוכלוסייתית השגרתית שרוב תוכניות הרבייה מסתמכות עליה כיום להחלטות בחירה יומיומיות.
