選抜育種プログラム

選抜育種プログラムとは、成長率、飼料転換率、疾病抵抗性、フィレ歩留まり、成熟年齢といった定義された形質において優れた個体を特定し、それらを優先的に繁殖させることで、養殖個体群の遺伝的特性を体系的かつ多世代にわたって改良し、世代ごとに個体群の平均を変化させるものである。世代あたりの遺伝的改良量は、形質の遺伝率（成長は一般的に中程度の遺伝率を持つが、疾病抵抗性は低いことが多いが実在する）、選抜強度、および育種価がどれだけ正確に推定されるかに依存する。個体タグ付きの完全な血統を追跡するプログラムや、近年ではゲノムマーカー（ゲノム選抜を可能にするSNPパネル）を使用するプログラムは、サケ科魚類の成長において世代あたり10〜15%程度の持続的な改良を報告しており、飼料転換率（FCR）も数十年間にわたって同程度の累積的改善が見られ、これは業界で最も影響力の大きい効率向上要因の一つとなっている。遺伝的管理規律がプログラムの成否を分ける。近交係数は管理され（最適貢献交配により世代あたり約1%未満に抑えられるのが一般的）、有効個体群サイズが維持され、相関形質が監視される必要がある。なぜなら、急速な成長のための強い選抜は、それらが育種目標に含まれていない場合、疾病抵抗性や肉質を損なう可能性があるからである。結果は世代を超えて複利的に蓄積され、投資回収期間が長いため、育種プログラムは専門の育種会社や大規模な垂直統合型生産者によって運営されており、現在、商業的なサケ、マス、ティラピア、エビの種苗のほとんどは、野生捕獲の親魚ではなく、正式なプログラムに由来している。