כלורינציה ודה-כלורינציה
כלורינציה מחטאת מי מדגרה, צנרת, מיכלים ושפכים על ידי שמירה על שארית כלור חופשי, בדרך כלל 1–5 מ"ג/ליטר למשך 15–30 דקות של זמן מגע נגד חיידקים ווירוסים, ועד 20–50 מ"ג/ליטר לחיטוי סופי של מערכות מרוקנות. כלור מוסף כנתרן תת-כלורי או סידן תת-כלורי ופועל על ידי חמצון קרומי תא; יעילותו יורדת בחדות ככל שה-pH עולה, מכיוון שחומצה היפוכלורית (HOCl), המין הפעיל הדומיננטי ב-pH 6–7.5, מתפרקת ליון היפוכלוריט (OCl⁻) החלש בהרבה מעל pH 8. זה הופך את הכלורינציה במי ים בסיסיים לפחות יעילה באופן ניכר לכל מיליגרם שנוסף. כלור חופשי רעיל באופן אקוטי לדגים וסרטנים בריכוזים נמוכים בהרבה מריכוזי טיפול, ולכן כל מים הנכנסים ליחידות ייצור חייבים להיות מנוטרלי כלור לחלוטין. נטרול כלור נעשה באמצעות נתרן תיוסולפט (בערך 0.7–0.9 מ"ג תיוסולפט לכל 1 מ"ג כלור, כשהעודף אינו מזיק), נתרן סולפיט, או על ידי אוורור ממושך ופירוק באור שמש. יש לוודא שארית כלור באמצעות בדיקה קולורימטרית DPD מתחת ל-0.02 מ"ג/ליטר לפני חשיפת דגים. כלור מגיב גם עם חומרים אורגניים ליצירת כלוראמינים וטריהלומתאנים, ולכן שפכים עמוסים מאוד צריכים לעבור שקיעה מוקדמת. מבחינה תפעולית, חוות צריכות לתעד מינון, זמן מגע ושארית, ולעולם אין לערבב כלור עם חומצה או מוצרי אמוניה.